草案第三条规定:国家反恐怖工作领导机构统一领导和指挥全国反恐怖工作。中国人民解放军、中国人民武装警察部队和民兵组织依照法律、行政法规、军事法规以及国务院、中央军事委员会的命令,防范和打击恐怖活动。人民法院、人民检察院和公安机关、国家安全机关、司法行政机关以及其他有关国家机关,应当各司其职、密切配合,共同做好反恐怖工作。
草案还根据我国实际情况,规定由国家反恐怖工作领导机构认定恐怖活动组织、恐怖活动人员名单,由公安部公布。
公安部副部长杨焕宁受国务院委托在向全国人大常委会作说明时介绍,在打击恐怖活动犯罪过程中,司法机关可以依法对恐怖活动组织和人员进行惩治。为了更加有效地防范和打击恐怖活动,开展涉恐资产监控和冻结工作,在司法程序之外,还需要由法律授权机关对有关恐怖活动组织及恐怖活动人员名单进行认定并公布。在反恐怖国际合作中,联合国安理会有关机构定期发布的有关恐怖活动组织和个人名单,也需要由外交部核报国家反恐怖工作领导机构组织实施。世界上反恐怖任务比较重的国家,都通过立法确立恐怖活动组织、恐怖活动人员名单认定和公布机制。